Le médecin-contrôleur est tenu de signer une déclaration d'indépendance à chaque contrôle. Il déclare ainsi effectuer sa mission de façon totalement indépendante par rapport à l'employeur et l'employé. Il ne peut donc pas être le médecin traitant de l'employé, ni le conseiller en prévention ou le médecin du travail de l'employeur.
Chaque médecin qui effectue des contrôles pour Omecon accepte ce principe d'indépendance. Omecon veille de son côté à ce que ce principe soit strictement respecté.